情形一：纳税人购进农产品，取得一般纳税人开具9%税率的增值税专用发票以增值税专用发票上注明的增值税额为进项税额，用于生产销售或委托加工13%税率货物，可按10％抵扣进项税额；若购买方既用于生产13%税率货物又用于其他货物服务，未分别核算的，应按照９％抵扣进项税额。某企业是一般纳税人农产品经销企业，2023年11月从农产品经销商（一般纳税人）处购买农产品，取得了一张9%的增值税专用发票，注明价款金额20000元、税额1800元，则该企业可抵扣1800元的进项。情形二：纳税人购进农产品，取得海关进口增值税专用缴款书以海关进口增值税专用缴款书上注明的税额为进项税额。购买方用于生产9%税率货物，可按9%抵扣进项税额；用于生产销售或委托加工13%税率货物，可按10％抵扣进项税额；若购买方既用于生产13%税率货物又用于其他货物服务，未分别核算的，应按照海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税税额抵扣进项税额。某企业是一般纳税人农产品经销企业，2023年11月从外国农产品经销商处购买农产品，取得了一张海关进口增值税专用缴款书，注明完税价格22600元、税额2034元，则该企业可抵扣2034元的进项。情形三：纳税人购进农产品，从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票自2019年4月1日起，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额，用于生产销售或委托加工13%税率货物，可按10％抵扣进项税额；若购买方既用于生产13%税率货物又用于其他货物服务，未分别核算的，应按照９％抵扣进项税额。某企业是一般纳税人农产品经销企业，2023年11月从农产品经销商（小规模纳税人）处购买农产品，取得了一张3%的增值税专用发票，注明价款金额1000元、税额30元。该张发票可抵扣的进项税额=1000×9%=90元，而不是专用发票注明的税额30.00元，则该企业可抵扣90元的进项。情形四：纳税人购进农产品，从按照简易计税方法依照1%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票。依据《财政部 税务总局关于增值税小规模纳税人减免增值税政策的公告》（财税（2023）19号）自2023年11月1日至2027年12月31日，可开具1%征收率专用发票）自2019年4月1日起，以增值税专用发票上注明的增值税额为进项税额，不是以增值税专用发票上注明的金额和9%/10%的扣除率计算进项税额。纳税人购进农产品，从小规模纳税人取得专票抵扣方式如下：
【举例说明】
某企业是一般纳税人农产品深加工企业，2023年11月从农产品经销商（小规模般纳税人）处购买农产品，取得了一张增值税专用发票，注明价款金额1000元、税额10元，则该张发票可抵扣的进项税额=1000×1%=10元。
【涉税安排】
可以要求小规模纳税人供应商开具3%的增值税专用发票，即使补2%的其缴纳增值税差价，这样就可以按照“以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额”，整体来说是合适的。
情形五：纳税人向农业生产者购进的自产农产品，开具了农产品收购发票或自产农产品销售发票的（该发票指农业生产者销售自产自用农产品使用免征增值税项目而开具的普通发票）
【特别注意】
企业经常向农业生产者个人购进自产农产品的，可以向主管税务局申请农副产品收购发票，在购进时自行据实开具；或者可以由农业生产者去税务局申请代开免税销售发票。无论是企业自开的农副产品收购发票，还是税务局代开的免税农产品销售发票，均可以作为进项税额抵扣凭证。
【抵扣方式】
自2019年4月1日起，以农产品收购发票或自产农产品销售发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。用于生产销售或委托加工13%税率货物，可按10％抵扣进项税额；若购买方既用于生产13%税率货物又用于其他货物服务，未分别核算的，应按照９％抵扣进项税额。
【举例说明】
某企业是一般纳税人农产品经销企业，2023年11月从农业生产者处购买农产品，取得了一张农产品收购发票，票面注明农产品买价是1000元，则该张发票可抵扣的进项税额=1000×9%=90元。
情形六：纳税人从批发、零售环节购进使用免征增值税政策的蔬菜、部分鲜活肉蛋而取得了普通发票
具体适用免税规定产品可参考《财政部 国家税务总局关于免征部分鲜活肉蛋产品流通环节增值税政策的通知》（财税（2012）75号文）
【特别注意】
此时发票不能作为抵扣进项税额的凭证。
【涉税安排】
如果供应商属于批发、零售环节的供应商，其上游又是“向农业生产者购进的自产农产品”，建议供应商放弃免税，开具3%/9%增值税专用发票，即使补3%的或者销项与进项税额的其缴纳增值税差价，也是合适的。
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